Þess ber fyrst að geta að bláskeljarækt er ekki sambærileg við sjávardýraeldi en mönnum hefur verið nokkuð tamt að fella skelrækt undir sama hatt og t.d. lax- og þorskeldi. Munurinn á þessu tvennu er hinsvegar mikill og þá ekki síst  hvað varðar umhverfisáhrif. Þegar um eldi er að ræða eru lífverur fóðraðar auk þess sem oftar en ekki er um einhverjar lyfjagjafir að ræða, s.s. til að fyrirbyggja sýkingar og aðra krankleika. Fóðrunin getur haft neikvæð umhverfisáhrif, bæði vegna fóðurs sem fellur til botns sem og vegna úrgangs frá þeim lífverum sem nærast á fóðrinu. Getur þetta valdið miklum og óæskilegum breytingum á botnlífi auk þess sem örverumengun getur gert vart við sig.

 

Í bláskeljarækt er ekki um neina fóðrun að ræða né heldur lyfjagjafir. Það eina sem er í raun gert er það að kræklingalirfunni er boðið upp á hentugan bústað í formi lína en að öðru leyti er lífsferill hans algerlega í höndum náttúrunnar. Bláskelin nærist á svifþörungum og öðrum smáögnum sem í sjónum eru og þannig er það náttúran sjálf sem sér um fóðrun bláskeljarinnar. Því er í raun ekki hægt að ofbjóða náttúrunni með of mikilli ræktun þar sem fæðuframboð náttúrunnar setur sjálfkrafa þak á hversu stóra rækt tiltekið hafsvæði getur borið. Erlendis hafa menn rekið sig upp undir þessi þök með þeim afleiðingum að vaxtarhraði skeljarinnar fellur þar sem ekki er fyrirliggjandi næg fæða handa öllum þeim einstaklingum sem á svæðinu eru.

 

Bláskeljarækt er ekki talin valda neikvæðum umhverfisáhrifum að neinu teljanlegu marki enda er slík ræktun t.d. ekki matsskyld hvað varðar umhverfisáhrif. Þvert á móti er bláskeljarækt talin hafa jákvæð áhrif á lífríkið þar sem skelin hreinsar í raun það hafsvæði sem hún er á. Þá er ræktunarbúnaðurinn ekki aðeins hentugur sem búsvæði skelja heldur sækja þangað alls kyns lífverur sem aftur vekja athygli fiska sem halda til í stórum hópum við línurnar. Þannig er það óumdeilt að bláskeljarækt getur aukið innfjarðarfiskgengd með auknu fæðuframboði á grunnslóð.